Wenn der Rhein Hochwasser führt, kann das Wasser der Sieg nicht ungehindert abfließen. Dies führt zu einem Rückstau, der die umliegenden Gebiete, einschließlich des Areals der Siegfähre, überflutet. Das bedeutet, dass nicht unbedingt im Rhein-Sieg-Kreis viel Regen fallen muss. Stattdessen sind südlichere Flüsse wie die Lahn und Mosel Auslöser für Hochwasser im Rhein. Insbesondere zur Zeit der Schneeschmelze im Februar und März kann es zu schnell steigenden Pegeln kommen, da Schmelzwasser von allen Seiten in den Rhein fließt.

Nichtsdestotrotz können starke Regenfälle im Einzugsgebiet der Sieg  zu einem schnellen Anstieg des Flusspegels führen. Wenn der Pegel in Bonn bei 680cm liegt, dann steht die Sieg bereits so hoch, dass das Restaurant “Zur Siegfähre” das Wasser bereits im Haus stehen hat.

Die Situation verschärft sich, wenn sowohl der Rhein als auch die Sieg gleichzeitig Hochwasser führen. Dies liegt daran, dass der Wasserstand des Rheins den Abfluss der Sieg beeinflusst und umgekehrt. Historisch gesehen kommt es fast jährlich zu Hochwasserereignissen an der Sieg.

Um die Risiken zu minimieren, wurden Hochwassergefahren- und -risikokarten erstellt, die über potenzielle Gefahren informieren. Diese Karten helfen dabei, persönliche Risiken einzuschätzen und Vorsorgemaßnahmen zu treffen. Zusätzlich wurde an Pfingsten 2024 erstmals ein neuer Hochwasserschutz getestet: Ein großer, aufblasbarer Rettungsring, der als flexible Barriere gegen steigendes Wasser diente. Dieses System wurde speziell entwickelt, um kurzfristig auf Hochwassergefahren zu reagieren und könnte in Zukunft eine ergänzende Maßnahme für den Schutz gefährdeter Gebiete sein. Jedoch hält die Barriere nur Hochwasser bis zu einer Höhe von 120cm ab. Somit bleiben größere Hochwasser wie im Winter weiterhin ein großes Risiko für das 100 Jahre alte Gebäude.